Index

_

__init__() (pylimma.EList method) (pylimma.MArrayLM method)

A

array_weights() (in module pylimma) array_weights_quick() (in module pylimma) as_dataframe() (pylimma.MArrayLM method)

au_roc() (in module pylimma) ave_dups() (in module pylimma) aver_arrays() (in module pylimma) avereps() (in module pylimma)

B

background_correct() (in module pylimma)

barcode_plot() (in module pylimma)

C

camera() (in module pylimma) camera_pr() (in module pylimma) classify_tests_f() (in module pylimma)

contrasts_fit() (in module pylimma) convest() (in module pylimma) coolmap() (in module pylimma)

D

decide_tests() (in module pylimma) detection_p_values() (in module pylimma)

diff_splice() (in module pylimma) duplicate_correlation() (in module pylimma)

E

e_bayes() (in module pylimma)

EList (class in pylimma)

F

fit_f_dist() (in module pylimma) fit_f_dist_robustly() (in module pylimma) fit_f_dist_unequal_df1() (in module pylimma)

fitmixture() (in module pylimma) fitted() (pylimma.MArrayLM method) fry() (in module pylimma)

G

genas() (in module pylimma) gene_set_test() (in module pylimma) get_eawp() (in module pylimma)

gls_series() (in module pylimma) goana() (in module pylimma) goana_trend() (in module pylimma)

I

ids2indices() (in module pylimma)

inter_gene_correlation() (in module pylimma) is_fullrank() (in module pylimma)

K

kegga() (in module pylimma)

L

lm_fit() (in module pylimma)

M

make_contrasts() (in module pylimma) MArrayLM (class in pylimma)

model_matrix() (in module pylimma) mrlm() (in module pylimma) mroast() (in module pylimma)

N

non_estimable() (in module pylimma) normalize_between_arrays() (in module pylimma) normalize_cyclic_loess() (in module pylimma)

normalize_median_values() (in module pylimma) normalize_quantiles() (in module pylimma) normexp_fit() (in module pylimma) normexp_signal() (in module pylimma)

P

plot_densities() (in module pylimma) plot_ma() (in module pylimma) plot_md() (in module pylimma) plot_mds() (in module pylimma) plot_sa() (in module pylimma)

plot_splice() (in module pylimma) plot_with_highlights() (in module pylimma) pred_fcm() (in module pylimma) prop_true_null() (in module pylimma) put_eawp() (in module pylimma)

Q

qqt() (in module pylimma)

R

rank_sum_test_with_correlation() (in module pylimma) remove_batch_effect() (in module pylimma)

residuals() (pylimma.MArrayLM method) roast() (in module pylimma) romer() (in module pylimma)

S

select_model() (in module pylimma)

squeeze_var() (in module pylimma)

T

top_go() (in module pylimma) top_kegg() (in module pylimma) top_splice() (in module pylimma) top_table() (in module pylimma)

top_table_f() (in module pylimma) top_treat() (in module pylimma) treat() (in module pylimma) tricube_moving_average() (in module pylimma)

V

venn_counts() (in module pylimma) venn_diagram() (in module pylimma) volcano_plot() (in module pylimma)

voom() (in module pylimma) voom_with_quality_weights() (in module pylimma) vooma() (in module pylimma) vooma_lm_fit() (in module pylimma)

W

weighted_lowess() (in module pylimma)

wsva() (in module pylimma)

Z

zscore_t() (in module pylimma)